El Taller "Introducción a la Bioinformática: Herramientas y Aplicaciones en Salud Global" tiene como objetivos introducir los conceptos fundamentales de la Bioinformática y sus aplicaciones en Salud Global, capacitando a profesionales de las ciencias de la vida para explorar datos públicos (genómicos, transcriptómicos y/o metagenómicos) y estructurar análisis básicos reproducibles orientados a la vigilancia de patógenos, el desarrollo de vacunas y fármacos, y el apoyo a la toma de decisiones en salud pública.
Fase 1: Fundamentos Teóricos (24-26 de junio: Remoto) Fase 2: Inmersión Práctica (29 de junio - 1 de julio: Presencial en el Instituto de Innovación en Biotecnología e Industria (IIBI). Ave. Olof Palme esq. José Núñez de Cáceres, San Gerónimo, 10134 Distrito Nacional, Santo Domingo, República Dominicana. Dirección en Google Maps)
La actividad está organizada por Fiocruz, la Fundación Etikos, la Universidad del Valle y la Universidad Autónoma de Santo Domingo, con apoyo de The Global Health Network Latin America and the Caribbean y apoyo financiero del Wellcome Trust (Subvención 226688/Z/22/Z).
El objetivo del taller es fortalecer capacidades en el uso de la metodología Pathfinder, un enfoque orientado al mapeo de procesos de investigación, permitiendo identificar desafíos, proponer soluciones y generar aprendizajes transferibles entre estudios. La actividad fue desarrollada en dos sesiones complementarias combinando presentación conceptual, actividad práctica y discusión colectiva, con énfasis en la aplicación directa de las herramientas Pathfinder al contexto real de los estudios del EEAPS.
Objetivos específicos
Al finalizar el curso, se espera que los participantes sean capaces de:
Explicar el papel de la bioinformática como pilar de la Salud Global, con ejemplos en la vigilancia de patógenos, el desarrollo de vacunas y fármacos, y el análisis de grandes volúmenes de datos ómicos.
Reconocer los principales tipos de datos biológicos utilizados en Bioinformática (secuencias de ADN/ARN/proteínas, datos de expresión génica, datos metagenómicos, etc.) y sus fuentes públicas.
Navegar en bases de datos públicas y recuperar conjuntos de datos relevantes para la salud global.
Describir, a nivel introductorio, los flujos de análisis de secuencias y de datos ómicos.
Utilizar herramientas computacionales accesibles (por ejemplo, plataformas web o entornos virtuales) para ejecutar etapas básicas de análisis de datos públicos.
Capacitar al participante para diseñar y proponer flujos de trabajo (pipelines) de análisis bioinformáticos aplicables a proyectos reales, seleccionando las herramientas y bases de datos adecuadas para responder a problemas concretos de Salud Global
Perfil del público objetivo y requisitos técnicos
Están invitados a participar del taller profesionales e investigadores/as con título de grado en áreas de Ciencias de la Vida, tales como: Biología, Biomedicina, Medicina, Farmacia, Enfermería, Salud Pública, Biotecnología y áreas afines. Es recomendable que el público tenga conocimiento básico de Biología Molecular y Celular (por ejemplo: conceptos de gen, genoma, transcripción, traducción, secuencia de ADN/ARN/proteína). No es obligatorio tener conocimientos previos de programación; el curso será introductorio y se centrará en herramientas amigables.
Requisitos técnicos
Computador individual para cada participante en las sesiones presenciales, con:
Navegador actualizado (Chrome, Firefox o equivalente)
Capacidad de acceso a plataformas web (entorno de análisis, bases de datos)
Acceso estable a internet en las sesiones presenciales (Wi-Fi institucional o equivalente), incluyendo:
Posibilidad de descarga de archivos de tamaño moderado (secuencias, tablas)
Acceso no restringido a repositorios y plataformas relevantes
Se recomienda, en la medida de lo posible, disponer también de:
Tomas de corriente y extensiones suficientes en la sala
Proyector o pantalla grande para demostraciones
Metodología
La metodología del curso combinará:
1
Clases expositivas y charlas abiertas
Para contextualizar la Bioinformática en la Salud Global, presentar conceptos fundamentales y mostrar casos reales de aplicación.
2
Demostraciones guiadas en entorno computacional
Demostración, paso a paso, de flujos de análisis (desde la obtención de los datos hasta la visualización de resultados), incentivando su reproducción.
3
Sesiones prácticas "hands-on"
Los participantes trabajarán en su propio computador, siguiendo guías estructuradas y, gradualmente, introduciendo variaciones para responder preguntas específicas.
4
Trabajo basado en proyectos
Desde el inicio, los participantes se organizarán en grupos, para desarrollar un miniproyecto utilizando datos públicos. Este enfoque fomenta la colaboración, la discusión y la construcción colectiva de soluciones.
5
Discusión orientada y retroalimentación continua
Espacios de discusión sobre las limitaciones de los datos, elección de herramientas e interpretación de resultados.
Introducción a la Bioinformática y Salud Global: Definiciones, historia y el impacto del análisis de datos biológicos.
Introducción a los repositorios de datos, recursos computacionales y redes de colaboración, como TGHN LAC.
Día 2 – Genómica y Evolución (Mañana y Tarde)
Gestión de Datos Biológicos: Fuentes de datos públicas (NCBI, EBI), tipos de archivo (FASTA, FASTQ, GFF, PDB etc) e interpretación de la calidad de secuenciación.
Ensamblaje y Anotación: Flujos de trabajo para ensamblaje de novo y por referencia; identificación de regiones codificantes y funciones génicas.
Filogenia Molecular: Teoría del alineamiento de secuencias (par e múltiple), matrices de sustitución y construcción de árboles filogenéticos.
Día 3 – Ómicas y Estructura (Mañana y Tarde)
Transcriptómica y Metagenómica: Diseño experimental, control de calidad, mapeo contra genomas de referencia y cuantificación de la expresión génica.
Bioinformática Estructural: Relación secuencia-estructura-función, visualización de estructuras 3D y su aplicación en el diseño de fármacos y vacunas.
Definición de Microproyectos: Metodología para la elección de la pregunta biológica y selección de conjuntos de datos reales.
Fase 2: Inmersión Práctica y Proyectos (Presencial en RD)
Día 4 – Práctica en Genómica (Mañana y Tarde)
Hands-on I: Navegación avanzada en bases de datos y ejecución de alineamientos múltiples y filogenia en plataformas web.
Hands-on II: Flujo práctico de ensamblaje y anotación de genomas de patógenos utilizando herramientas de interfaz amigable.
Día 5 – Modelado y Desarrollo de Proyectos (Mañana y Tarde)
Hands-on III: Uso de servidores de predicción estructural (ej. AlphaFold2, Swiss-Model) e interpretación de modelos proteicos 3D.
Mentoría Intensiva: Trabajo grupal guiado para la construcción de los pipelines de análisis específicos para los microproyectos de Salud Global.
Día 6 – Presentación de Resultados (Solo Mañana)
Defensa Técnica: Presentación de los microproyectos, la cual está enfocada en la adecuación de la metodología e interpretación de resultados para la toma de decisiones.
Cierre del Curso.
Evaluación
La evaluación será formativa y basada en la presentación de miniproyecto que contemple:
Una pregunta biológica sencilla y relevante para la Salud Global (por ejemplo: comparación entre linajes de un patógeno; exploración de un pequeño conjunto de datos transcriptómicos/metagenómicos; análisis exploratorio de datos de vigilancia).
Selección de un conjunto de datos público asociado a la pregunta.
Definir y ejecutar un flujo de análisis adecuado utilizando las herramientas discutidas en el curso.
Presentación oral
Certificación
La certificación del curso se divide en dos modalidades, según los diferentes niveles de participación:
Certificación Completa (Presencial + Remoto): Se otorgará a los participantes que completen la carga horaria total (6 días = 48 horas), incluyendo las sesiones teóricas virtuales y las prácticas presenciales en República Dominicana con la presentación del proyecto final.
Microcertificación (Online): Se otorgará a los alumnos que sigan exclusivamente la modalidad remota (Días 1, 2 e 3 = 24 horas), certificando la adquisición de conocimientos teóricos y fundamentos de Bioinformática
The Workshop "Introduction to Bioinformatics: Tools and Applications in Global Health" aims to introduce the fundamental concepts of Bioinformatics and its applications in Global Health, training life science professionals to explore public data (genomic, transcriptomic, and/or metagenomic) and structure reproducible basic analyses oriented toward pathogen surveillance, vaccine and drug development, and public health decision-making support.
Phase 1: Theoretical Fundamentals (June 24-26: Remote) Phase 2: Practical Immersion (June 29 - July 1: In-person at the Institute of Biotechnology and Industry Innovation (IIBI). Ave. Olof Palme esq. José Núñez de Cáceres, San Gerónimo, 10134 National District, Santo Domingo, Dominican Republic. Google Maps Directions)
The activity is organized by Fiocruz, the Etikos Foundation, Universidad del Valle, and the Autonomous University of Santo Domingo, with support from The Global Health Network Latin America and the Caribbean and financial support from the Wellcome Trust (Grant 226688/Z/22/Z).
The objective of the workshop is to strengthen capacities in using the Pathfinder methodology, an approach oriented toward mapping research processes, allowing the identification of challenges, proposing solutions, and generating transferable learnings among studies. The activity was developed in two complementary sessions combining conceptual presentation, practical activity, and collective discussion, with an emphasis on the direct application of Pathfinder tools to the real context of EEAPS studies.
Specific Objectives
By the end of the course, participants are expected to be able to:
Explain the role of bioinformatics as a pillar of Global Health, with examples in pathogen surveillance, vaccine and drug development, and the analysis of large volumes of omics data.
Recognize the main types of biological data used in Bioinformatics (DNA/RNA/protein sequences, gene expression data, metagenomic data, etc.) and their public sources.
Navigate public databases and retrieve datasets relevant to global health.
Describe, at an introductory level, sequence and omics data analysis workflows.
Use accessible computational tools (e.g., web platforms or virtual environments) to execute basic stages of public data analysis.
Enable participants to design and propose bioinformatics analysis workflows (pipelines) applicable to real projects, selecting appropriate tools and databases to address concrete Global Health problems.
Target Audience Profile and Technical Requirements
Professionals and researchers with a degree in Life Sciences areas—such as Biology, Biomedicine, Medicine, Pharmacy, Nursing, Public Health, Biotechnology, and related fields—are invited to participate in the workshop. It is recommended that attendees have basic knowledge of Molecular and Cellular Biology (e.g., concepts of gene, genome, transcription, translation, DNA/RNA/protein sequence). Prior programming knowledge is not mandatory; the course will be introductory and focus on user-friendly tools.
Technical Requirements
Individual computer for each participant in the in-person sessions, with:
Updated browser (Chrome, Firefox, or equivalent)
Capability to access web platforms (analysis environment, databases)
Stable internet access during in-person sessions (institutional Wi-Fi or equivalent), including:
Ability to download moderate-sized files (sequences, tables)
Unrestricted access to relevant repositories and platforms
It is recommended, as far as possible, to also have:
Sufficient power outlets and extension cords in the room
Projector or large screen for demonstrations
Methodology
The course methodology will combine:
1
Expository lectures and open talks
To contextualize Bioinformatics in Global Health, present fundamental concepts, and showcase real application cases.
2
Guided demonstrations in computational environment
Step-by-step demonstration of analysis workflows (from data acquisition to result visualization), encouraging reproduction.
3
Hands-on practical sessions
Participants will work on their own computers, following structured guides and gradually introducing variations to answer specific questions.
4
Project-based work
From the beginning, participants will organize into groups to develop a mini-project using public data. This approach fosters collaboration, discussion, and collective solution-building.
5
Targeted discussion and continuous feedback
Spaces for discussion on data limitations, tool selection, and result interpretation.
Introduction to Bioinformatics and Global Health: Definitions, history, and the impact of biological data analysis.
Introduction to data repositories, computational resources, and collaboration networks, such as TGHN LAC.
Day 2 – Genomics and Evolution (Morning and Afternoon)
Biological Data Management: Public data sources (NCBI, EBI), file types (FASTA, FASTQ, GFF, PDB, etc.), and interpretation of sequencing quality.
Assembly and Annotation: Workflows for de novo and reference-based assembly; identification of coding regions and gene functions.
Molecular Phylogeny: Theory of sequence alignment (pairwise and multiple), substitution matrices, and phylogenetic tree construction.
Day 3 – Omics and Structure (Morning and Afternoon)
Transcriptomics and Metagenomics: Experimental design, quality control, mapping against reference genomes, and quantification of gene expression.
Structural Bioinformatics: Sequence-structure-function relationship, visualization of 3D structures, and their application in drug and vaccine design.
Micro-project Definition: Methodology for choosing the biological question and selecting real datasets.
Phase 2: Practical Immersion and Projects (In-person in DR)
Day 4 – Genomics Practice (Morning and Afternoon)
Hands-on I: Advanced database navigation and execution of multiple alignments and phylogeny on web platforms.
Hands-on II: Practical workflow for pathogen genome assembly and annotation using user-friendly interface tools.
Day 5 – Modeling and Project Development (Morning and Afternoon)
Hands-on III: Use of structural prediction servers (e.g., AlphaFold2, Swiss-Model) and interpretation of 3D protein models.
Intensive Mentorship: Guided group work for building specific analysis pipelines for Global Health micro-projects.
Day 6 – Results Presentation (Morning Only)
Technical Defense: Presentation of micro-projects, focused on methodological adequacy and interpretation of results for decision-making.
Course Closure.
Evaluation
The evaluation will be formative and based on the presentation of a mini-project that includes:
A simple and relevant biological question for Global Health (e.g., comparison between pathogen lineages; exploration of a small transcriptomic/metagenomic dataset; exploratory analysis of surveillance data).
Selection of a public dataset associated with the question.
Defining and executing an appropriate analysis workflow using the tools discussed in the course.
Oral presentation
Certification
Course certification is divided into two modalities, according to different levels of participation:
Full Certification (In-person + Remote): Awarded to participants who complete the total workload (6 days = 48 hours), including virtual theoretical sessions and in-person practices in the Dominican Republic with the final project presentation.
Micro-certification (Online): Awarded to students who exclusively follow the remote modality (Days 1, 2, and 3 = 24 hours), certifying the acquisition of theoretical knowledge and Bioinformatics fundamentals.
O Workshop "Introdução à Bioinformática: Ferramentas e Aplicações em Saúde Global" tem como objetivos introduzir os conceitos fundamentais da Bioinformática e suas aplicações em Saúde Global, capacitando profissionais das ciências da vida a explorar dados públicos (genômicos, transcriptômicos e/ou metagenômicos) e estruturar análises básicas reprodutíveis orientadas à vigilância de patógenos, ao desenvolvimento de vacinas e medicamentos, e ao suporte à tomada de decisões em saúde pública.
Fase 1: Fundamentos Teóricos (24-26 de junho: Remoto) Fase 2: Imersão Prática (29 de junho - 1 de julho: Presencial no Instituto de Inovação em Biotecnologia e Indústria (IIBI). Ave. Olof Palme esq. José Núñez de Cáceres, San Gerónimo, 10134 Distrito Nacional, Santo Domingo, República Dominicana. Endereço no Google Maps)
A atividade é organizada pela Fiocruz, Fundação Etikos, Universidade del Valle e Universidade Autônoma de Santo Domingo, com o apoio da The Global Health Network Latin America and the Caribbean e apoio financeiro do Wellcome Trust (Subvenção 226688/Z/22/Z).
O objetivo do workshop é fortalecer capacidades no uso da metodologia Pathfinder, uma abordagem orientada ao mapeamento de processos de pesquisa, permitindo identificar desafios, propor soluções e gerar aprendizados transferíveis entre estudos. A atividade foi desenvolvida em duas sessões complementares combinando apresentação conceitual, atividade prática e discussão coletiva, com ênfase na aplicação direta das ferramentas Pathfinder ao contexto real dos estudos do EEAPS.
Objetivos específicos
Ao finalizar o curso, espera-se que os participantes sejam capazes de:
Explicar o papel da bioinformática como pilar da Saúde Global, com exemplos na vigilância de patógenos, desenvolvimento de vacinas e medicamentos, e na análise de grandes volumes de dados ômicos.
Reconhecer os principais tipos de dados biológicos utilizados em Bioinformática (sequências de ADN/ARN/proteínas, dados de expressão gênica, dados metagenômicos, etc.) e suas fontes públicas.
Navegar em bases de dados públicas e recuperar conjuntos de dados relevantes para a saúde global.
Descrever, em nível introdutório, os fluxos de análise de sequências e de dados ômicos.
Utilizar ferramentas computacionais acessíveis (por exemplo, plataformas web ou ambientes virtuais) para executar etapas básicas de análise de dados públicos.
Capacitar o participante para desenhar e propor fluxos de trabalho (pipelines) de análise bioinformática aplicáveis a projetos reais, selecionando as ferramentas e bases de dados adequadas para responder a problemas concretos de Saúde Global.
Perfil do público-alvo e requisitos técnicos
Estão convidados a participar do workshop profissionais e pesquisadores/as com diploma de graduação em áreas de Ciências da Vida, tais como: Biologia, Biomedicina, Medicina, Farmácia, Enfermagem, Saúde Pública, Biotecnologia e áreas afins. É recomendável que o público tenha conhecimento básico de Biologia Molecular e Celular (por exemplo: conceitos de gene, genoma, transcrição, tradução, sequência de ADN/ARN/proteína). Não é obrigatório ter conhecimentos prévios de programação; o curso será introdutório e focado em ferramentas amigáveis.
Requisitos técnicos
Computador individual para cada participante nas sessões presenciais, com:
Navegador atualizado (Chrome, Firefox ou equivalente)
Capacidade de acesso a plataformas web (ambiente de análise, bases de dados)
Acesso estável à internet nas sessões presenciais (Wi-Fi institucional ou equivalente), incluindo:
Possibilidade de download de arquivos de tamanho moderado (sequências, tabelas)
Acesso irrestrito a repositórios e plataformas relevantes
Recomenda-se, na medida do possível, dispor também de:
Tomadas de energia e extensões suficientes na sala
Projetor ou tela grande para demonstrações
Metodologia
A metodologia do curso combinará:
1
Aulas expositivas e palestras abertas
Para contextualizar a Bioinformática na Saúde Global, apresentar conceitos fundamentais e mostrar casos reais de aplicação.
2
Demonstrações guiadas em ambiente computacional
Demonstração, passo a passo, de fluxos de análise (desde a obtenção dos dados até a visualização de resultados), incentivando sua reprodução.
3
Sessões práticas "hands-on"
Os participantes trabalharão em seu próprio computador, seguindo guias estruturados e, gradualmente, introduzindo variações para responder a perguntas específicas.
4
Trabalho baseado em projetos
Desde o início, os participantes se organizarão em grupos para desenvolver um miniprojeto utilizando dados públicos. Essa abordagem fomenta a colaboração, a discussão e a construção coletiva de soluções.
5
Discussão orientada e feedback contínuo
Espaços de discussão sobre as limitações dos dados, escolha de ferramentas e interpretação de resultados.
Introdução à Bioinformática e Saúde Global: Definições, história e o impacto da análise de dados biológicos.
Introdução aos repositórios de dados, recursos computacionais e redes de colaboração, como TGHN LAC.
Dia 2 – Genômica e Evolução (Manhã e Tarde)
Gestão de Dados Biológicos: Fontes de dados públicas (NCBI, EBI), tipos de arquivo (FASTA, FASTQ, GFF, PDB, etc.) e interpretação da qualidade do sequenciamento.
Montagem e Anotação: Fluxos de trabalho para montagem de novo e por referência; identificação de regiões codificantes e funções gênicas.
Filogenia Molecular: Teoria do alinhamento de sequências (par e múltiplo), matrizes de substituição e construção de árvores filogenéticas.
Dia 3 – Ômicas e Estrutura (Manhã e Tarde)
Transcriptômica e Metagenômica: Desenho experimental, controle de qualidade, mapeamento contra genomas de referência e quantificação da expressão gênica.
Bioinformática Estrutural: Relação sequência-estrutura-função, visualização de estruturas 3D e sua aplicação no desenho de fármacos e vacinas.
Definição de Microprojetos: Metodologia para a escolha da pergunta biológica e seleção de conjuntos de dados reais.
Fase 2: Imersão Prática e Projetos (Presencial na RD)
Dia 4 – Prática em Genômica (Manhã e Tarde)
Hands-on I: Navegação avançada em bases de dados e execução de alinhamentos múltiplos e filogenia em plataformas web.
Hands-on II: Fluxo prático de montagem e anotação de genomas de patógenos utilizando ferramentas de interface amigável.
Dia 5 – Modelagem e Desenvolvimento de Projetos (Manhã e Tarde)
Hands-on III: Uso de servidores de predição estrutural (ex. AlphaFold2, Swiss-Model) e interpretação de modelos proteicos 3D.
Mentoria Intensiva: Trabalho em grupo guiado para a construção dos pipelines de análise específicos para os microprojetos de Saúde Global.
Dia 6 – Apresentação de Resultados (Apenas Manhã)
Defesa Técnica: Apresentação dos microprojetos, focada na adequação da metodologia e interpretação de resultados para a tomada de decisões.
Encerramento do Curso.
Avaliação
A avaliação será formativa e baseada na apresentação de miniprojeto que contemple:
Uma pergunta biológica simples e relevante para a Saúde Global (por exemplo: comparação entre linhagens de um patógeno; exploração de um pequeno conjunto de dados transcriptômicos/metagenômicos; análise exploratória de dados de vigilância).
Seleção de um conjunto de dados público associado à pergunta.
Definir e executar um fluxo de análise adequado utilizando as ferramentas discutidas no curso.
Apresentação oral
Certificação
A certificação do curso divide-se em duas modalidades, segundo os diferentes níveis de participação:
Certificação Completa (Presencial + Remoto): Será concedida aos participantes que completarem a carga horária total (6 dias = 48 horas), incluindo as sessões teóricas virtuais e as práticas presenciais na República Dominicana com a apresentação do projeto final.
Microcertificação (Online): Será concedida aos alunos que seguirem exclusivamente a modalidade remota (Dias 1, 2 e 3 = 24 horas), certificando a aquisição de conhecimentos teóricos e fundamentos de Bioinformática.
