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MineClever: minero de información clínica y epidemiológica sobre virusrespiratorios emergentes

Contexto de la propuesta

En el contexto de la pandemia de COVID-19, los recursos sanitarios se agotaron a nivel global, mientras la comunidad científica se esforzaba en comprender los aspectos clínico-epidemiológicos de la enfermedad. En este escenario, los datos clínicos estandarizados, digitalizados y de fácil acceso son esenciales para orientar correctamente las políticas públicas y los esfuerzos científicos. En Brasil, la precariedad de los registros hospitalarios del Sistema Único de Salud (SUS) representa una barrera crítica para la salud pública, no solo en términos de asistencia y gestión de recursos, sino también en la producción de evidencia científica que permita una rápida toma de decisiones en situaciones de emergencia sanitaria.
En este sentido, un grupo de investigadores brasileños de Fiocruz y TGHN LAC ha estado desarrollando MineClever, un programa de inteligencia artificial para la minería de datos primarios de salud relacionados con los síndromes respiratorios agudos en los registros electrónicos del SUS. Este proyecto está financiado por el Programa Inova Fiocruz – Emergencias en Salud (Nº 1/2024, 3ª Convocatoria).

Objetivo

Desarrollar una aplicación con inteligencia artificial para la minería de datos clínicos y de laboratorio primarios de los síndromes virales respiratorios agudos en los registros electrónicos del SUS.

Métodos

El script del programa MineClever se desarrollará en el lenguaje de programación Python y se probará con archivos en formato PDF extraídos de los registros electrónicos de más de 400 pacientes hospitalizados con COVID-19 en dos hospitales del SUS (Hospital Getúlio Vargas y Hospital Agamenon Magalhães), que fueron centros de referencia para la enfermedad durante la primera ola de la pandemia. El proyecto tiene una duración prevista de junio de 2024 a septiembre de 2025, al final de la cual se creará una identidad visual para la aplicación en su uso en escritorio.

Instituciones participantes

Fiocruz Pernambuco, Fiocruz Rondônia y Programa de Computación Científica - PROCC/Fiocruz Rio de Janeiro, Brasil.

Download the submited proposal here (in Portuguese)

Equipo MineClever

MineClever: Clinical and Epidemiological Information Miner for Emerging Respiratory Viruses Context of the proposal In the context of the COVID-19 pandemic, health resources have been exhausted globally while the scientific community has been working to understand the clinical and epidemiological aspects of the disease. In the context of Brazil, the lack of access to primary data from the health system has failed to meet not only the needs of the healthcare system, but also of the scientific community, which has sought to generate data to guide rapid decision-making to control the pandemic. Therefore, to be prepared for the next public health emergencies, information systems need functionalities aimed at the standardised extraction of clinical and epidemiological data on syndromic conditions potentially related to emerging pathogens. MineClever is an artificial intelligence programme for mining clinical and epidemiological information on respiratory viruses that is being developed by a group of Brazilian researchers funded by the Inova Fiocruz Programme - Health Emergencies No. 1/2024 3rd Call and with the support of the TGHN LAC Fiocruz team in the development of the MineClever programme, under the coordination of the researcher Cristiane Campello Bressani. Objective To develop an artificial intelligence application for mining primary clinical and laboratory data on acute respiratory viral syndromes from the electronic medical records of Brazilian patients. Methods In the first stage, 50 electronic medical records from the MVPEP system will be used to select the defining terms of acute respiratory viral syndromes, which include signs/symptoms and laboratory tests of hospitalised patients with confirmed COVID-19, in two reference services in the city of Recife, Pernambuco/PE, Brazil. Next, the terms identified will be used to compose the script for the MineClever programme, in Python language, which will be tested to read PDF files from the electronic medical records of another 400 hospitalised people from the same study population. Finally, a visual identity for the application will be created for use on the programme's desktop. The programme will be developed between June/2024 and September/2025. Participating institutions Agamenon Magalhães Hospital (Recife, Pernambuco), Getúlio Vargas Hospital (Recife, Pernambuco), Fiocruz Pernambuco, Fiocruz Rondônia and the Scientific Computing Programme - PROCC/Fiocruz Rio de Janeiro, Brazil.

Contexto da proposta No contexto de pandemia da COVID-19, os recursos em saúde se esgotaram globalmente enquanto a comunidade científica se empenhava na compreensão clínica-epidemiológica da doença. No contexto do Brasil, a falta de acesso a dados primários do sistema de saúde, deixou de atender, não somente às necessidades a nível assistencial, mas também da comunidade científica que buscava gerar dados que direcionassem a rápida tomada de decisão para o controle da pandemia. Portanto, a fim de estarmos preparados para as próximas emergências em saúde pública, os sistemas de informação necessitam de funcionalidades direcionadas à extração padronizada de dados clínicos e epidemiológicos de quadros sindrômicos potencialmente relacionados a patógenos emergentes. O MineClever é um programa de inteligência artificial para mineração de informações clínicas e epidemiológicas de viroses respiratórias que está sendo desenvolvido por um grupo de pesquisadores brasileiros financiado pelo Programa Inova Fiocruz - Emergências em Saúde N° 1/2024 3ª Chamada e com o apoio da equipe TGHN LAC Fiocruz no desenvolvimento do programa MineClever, sob a Coordenação da Pesquisadora Cristiane Campello Bressani. Objetivo Desenvolver uma aplicação, com inteligência artificial, para mineração de dados clínicos e laboratoriais primários das síndromes virais respiratórias agudas, em prontuários eletrônicos de pacientes brasileiros. Método Numa primeira etapa, serão utilizados 50 prontuários eletrônicos do sistema MVPEP, para selecionar os termos definidores de síndromes virais respiratórias agudas, que compreendem sinais/sintomas e teste laboratoriais de pacientes hospitalizados com COVID-19 confirmada, em dois serviços de referência na cidade de Recife, Pernambuco/PE, Brasil. A seguir, os termos identificados serão utilizados para compor o script do programa MineClever, em linguagem Python, que será testado para ler arquivos de PDF provenientes de prontuários eletrônicos de mais 400 pessoas internadas, da mesma população de estudo. Por fim, será criada uma identidade visual da aplicação para uso em Desktop do Programa. O desenvolvimento do programa compreenderá o período de Junho/2024 a Setembro/2025. Instituições participantes Hospital Agamenon Magalhães (Recife, Pernambuco), Hospital Getúlio Vargas (Recife, Pernambuco), Fiocruz Pernambuco, Fiocruz Rondônia e Programa de Computação Científica - PROCC/Fiocruz Rio de Janeiro, Brasil.